DNA (ekstraksiyon) izolasyonu

Çilek/Kivi meyvesinde DNA izolasyonu

Rationale: Gerekçe:

In this lab activity, students will investigate DNA and later in the unit see how the understanding of DNA has lead scientists to develop technologies that are having far-reaching effects on biological research, medicine, public policy, and judicial systems.Öğrenciler, insanların sadece çok küçük bir yüzdesinin yaşamış olduğu, hücrelerden DNA ekstraksiyon  prosedürüne katılarak genç bilim adamları rolünü alacaktır. Procedures like this are similar to procedures used to make DNA fingerprints which require purified DNA. Bu gibi prosedürler arındırılmış DNA gerektiren DNA parmak izi elde etmek için kullanılan prosedürler ile benzerdir.

Objectives: By the end of this lesson, students will
Bu dersin sonunda öğrenciler:

·         Çilek DNA’sının neye benzediğini gözlemler ve açıklar.

·         DNA’ nın neye benzediğini önceki izlenimlerini ve gözlemleriyle karşılaştırır.
·         DNA'nın bu laboratuarda görülebileceğini açıklar.
·         Çözünürlüğün DNA’nın görünür kılınması ile ilgisinin olduğunu belirtir.
·         Diğer organizmalardan da DNA  elde edilebilir.
·         DNA izolasyonu önemini açıklar.

 

Malzemeler:

·         Kalın KİLİTLİ buzdolabı torbası

·         Taze / dondurulmuş çilek
·         Sıvı sabun
·         Tuz
·         40 mL etanol
·         Test tüpü ve tüplük
·         Huni ve süzgeç kağıdı
·         Ahşap / cam karıştırma çubuğu
·         Pipet
·         100 mL, 50 mL beher  

Çilek DNA'sı izolasyonu

Purpose : To extract DNA from a strawberry plant Amaç: çilek bitkisinden DNA izole etmek

Overview : In this investigation you will break open strawberry cells, prepare a filtered extract containing strawberry DNA, and separate out molecules of DNA in a test tube.Genel Bakış: Bu araştırmada size, çilek hücrelerini parçalayarak, çilek DNA’sı içeren süzülmüş bir özü hazırlanacak ve bir test tüpünde DNA molekülleri özütten ayıracaktır.

Background : Strawberries are octoploid, meaning that every cell in a strawberry contains eight copies of each of its chromosomes. Açıklama: Çilek, her çilek hücresinin kromozomlarının her biri sekiz kopya içerir, yani octoploid vardır. A strawberry has 7 chromosomes in each set for a grand total of 56 chromosomes. Bir çilek hücresinde 56 kromozom vardır ancak takım sayısında (n) 7 kromozom vardır. As a result, strawberries contain large amounts of DNA. Bunun sonucu olarak, çilekler büyük miktarda DNA içerirler. After this lab, you will never eat a strawberry again without thinking about how much DNA is in it!

Prosedürler:
 

1. Kilitlipoşet içine koyduğunuz çilekleri ezin. Çileklerin ezilmesi, kolay ve olgun çilek hücre duvarlarının parçalanmasına katkıda bulunan enzimleri üretir buda Çilek DNA’sını çıkarmasını kolaylaştırır. These enzymes are known as cellulase and pectinase. Bu enzimler selülaz ve pektinaz olarak bilinir. To extract the DNA, you will first break strawberry cells apart mechanically, by crushing them. DNA izolasyonu için, ezilmesi mekanik olarak çilek hücreleri parçalayacak. Next, you will add detergents to dissolve the cell's plasma membranes.

2. Ezme işleminden sonra içine deterjan ilave edip ezmeye devam edin. Deterjan, hücrenin plazma zarı eritmek için kullanılacak. A filtering step then removes the cell debris.

3.İçine bir miktar tuz ilave edip ezmeye devam edin.

4.Elde edilen özütü beherglasa alın

5.Bir huni içine filtre kağıdı yerleştirin. Oluşan özüt bir filtre kağıdından geçirilerek hücre artıklarından arındırılır ve deney tüpünde biriktirilir.

6.Deney tüpünde The result will be a red colored solution containing DNA and other small dissolved molecules such as sugars and proteins. DNA, şekerler ve proteinler gibi diğer küçük molekülleri çözünmüş olarak içeren kırmızı renkli bir solüsyon oluşur. When cold ethanol is layered on top of this solution, molecules of ethanol repel the DNA molecules, and the DNA clumps together.

7. Bu çözeltiye kendi miktarı kadar soğuk etanol yavaşça ilave edilir,

8.Etanol molekülleri  DNA molekülleri, ve DNA topaklarını çözeltiden alarak üste toplanır. A ropelike clump of many DNA molecules forms that is large enough to see with the unaided eye. Çıplak gözle görülebilecek kadar büyük birçok DNA molekülleri etanol içinde bir yığın oluşturur.

9.Bir bagetle deney tüpü yavaşça karıştırılarak DNA toplanır.

 

Pre-lab Activity : Answer the following pre-lab questions prior to beginning the lab. laboratuvar Aktivitesi:
 

1. To isolate strawberry DNA, you must separate it from other cell materials.            Çilek DNA'sı izole etmek için, diğer hücre maddelerinden ayırmak gerekir. Some of the lab steps you will use are listed in the left column below. Kullanacağınız laboratuvar adımlarının bazıları aşağıdaki sol sütunda listelenmiştir. Match the letter of each lab step with its effects on strawberry cells and enter your answers in the spaces provided. Çilek hücreleri üzerindeki etkileri ile her laboratuvar adımını eşleştirerek boşluklara cevapları girin.

Lab Steps Laboratuvar evreleri

Effects on Strawberry Cells Çilek hücreleri üzerindeki etkileri

a.      Mash the fruitÇilek süzülür b.      Çilek ezilir c.       Filter the strawberry extract Add detergent solutiSüzülmüş özü üzerine soğuk etanol eklenir d.      Deterjan  ve tuz eklenir Layer cold ethanol over filtered extrac

_______ breaks open the cells _______ Hücreler parçalanır _______ dissolves plasma membrane _______ Plazma zarı erir _______clumps DNA _______ DNA içeren sıvı kısım ayrılır _______separates organelles and cell debris, such as fragements of cell walls and membranes, from DNA and small dissolved molecules such as proteins and sugars _______ DNA   proteinler ve şekerler gibi küçük çözünmüş moleküllerden, hücre duvarlarının, organeller ve hücre zarı artıklarından ayrılır.

Corona Virüsler

Corona Virüsler

Hazırlayan: Dr. Fikret Özgür

MERS nedir?

Son zamanlarda yoğun endişeye yol açan corona virüs enfeksiyonu MERS’tir: Middle East Respiratory Syndrome(Orta Doğu Solunum Sendromu). Hastalığa yol açan virüs MERS-CoV’dır. Bu virus 2012 yılında Suudi Arabistan’da tespit edilmiştir. Bu virüsle enfekte olan insanların çoğunda ağır akut solunum sistemi rahatsızlıkları gelişmiştir. Ateş, öksürük ve nefes darlığı gözlemlenmiştir. Yaklaşık yarısı hayatını kaybetmiştir. Hastaların çok az bir kısmı hafif belirtilerle atlatmıştır. Amerika Birleşik Devletlerin’de bildirilen bir vaka olmamıştır. SARS’a yol açan virüsten farklıdır. Araştırmacılar virüsün kaynağını ve nasıl yayıldığını bulmaya çalışıyorlar. İlk ortaya çıktığı nisan 2012’den bu yana vaka ve ölüm sayıları 30 Ekim 2013 itibariyle şu şekildedir:

Ülke	Vaka (Ölüm)
Fransa	2 (1)
İtalya	1(0)
Ürdün	2 (2)
Katar	5 (3)
Suudi Arabistan	108 (47)
Tunus	3 (1)
Birleşik Krallık	3 (2)
Birleşik Arap Emirlikleri	6 (2)
Toplam	130 (58)

  SARS nedir?

Bir diğer ağır geçen corona virüs enfeksiyonu SARS’tır (şiddetli akut solunum sendromu). Etkeni SARS-CoV’dır.  SARS vakaları ilk olarak 2003 yılının şubat ayında Avrupa, Kuzey Amerika ve Asya’da gözlemlenmiştir.1 Kasım 2002-31 Temmuz 2003 tarihleri arasında dünya genelinde 8273 SARS vakası gözlemlenmiştir ve bu vakaların 775’i ölümle sonuçlanmıştır.  2004 yılından bu yana dünyanın herhangi bir yerinden bildirilmiş SARS-CoV enfeksiyonu bulunmamaktadır.   

 

Corona virüs enfeksiyonları her zaman ölümcül müdür?

Corona virüsler nadiren MERS ya da SARS gibi ölümcül olabilen enfeksiyonlara yol açarlar. Çoğu zaman hafif enfeksiyonlar gözlemlenir.

 Corona virüslerin temel özellikleri nelerdir?

Corona virüsler çoğu insanın hayatlarının bir bölümünde karşılaştığı yaygın virüslerdir. İnsan corona virüsleri çoğu zaman hafiften orta dereceye üst solunum sistemi enfeksiyonlarına yol açarlar. Bulaşma yolları, görüldüğü mevsimler, semptomları da diğer üst solunum sistemi enfeksiyonları gibidir.

  Corona virüs enfeksiyonlarından nasıl korunabiliriz?

İnsan corona virüslere karşı koruyucu herhangi bir aşı bulunmamaktadır. Enfeksiyon riskini azaltmanın başlıca yolları: Su ve sabunla sık sık ellerin yıkanması, gözlere, ağıza ve buruna dokunulmaması, hasta insanlarla yakın temastan kaçınılması. O halde insan corona virüslerle enfekte olduğumuzda diğer insanları korumak için şunları akılda tutmak gerekir: Hastayken evde kalmak, başkalarıyla yakın temastan kaçınmak, hapşırırken ya da öksürürken ağızı ve burunu kapamak, objeleri ve yüzeyleri temiz ve dezenfekte tutmak.

 Corona virüs enfeksiyonlarında teşhis nasıl konulur?

Hastalığınızın sebebinin insan corona virüsü olup olmadığını anlamak için laboratuar testleri yapılabilir. Ama çoğu zaman insanlar hafif rahatsızlıklar yaşadıkları için bu testlere ihtiyaç duyulmaz. Ayrıca her laboratuarda da bu testler yaygın olarak bulunmayabilir. Laboratuarda yapılan temel testler şunlardır: Hücre kültüründe virüs izolasyonu, PCR (polymerase chain reaction), insan corona virüs antikorları için serolojik test. Serolojik test için kan örneği gerekir. Burun ve boğaz swabları insan corona virüsleri için en iyi numunelerdir.

 Corona virüs enfeksiyonlarının tedavisi nasıldır?

İnsan corona virüsleri ile oluşan hastalıklar için spesifik bir tedavi bulunmamaktadır. Corona virüsle enfekte olan insanların çoğu kendiliğinden iyileşir. Semptomları azaltabilmek için ağrı kesiciler, ateş düşürücüler kullanılabilir (çocuklara aspirin verilmemeli), boğaz ağrısı ve öksürük için oda nemini arttıran cihazlar kullanılabilir ya da sıcak bir duş alınabilir. Bol bol sıvı alıp evde kalıp dinlenilmelidir.

 Referanslar:

Centers For Disease Control And Prevention (CDC)

World Health Organisation (WHO)

Wikipedia

 "Novel coronavirus infection - update". World Health Association. 22 May 2013. Retrieved 23 May 2013.

Saey, Tina Hesman (27 February 2013). "Scientists race to understand deadly new virus: SARS-like infection causes severe illness, but may not spread quickly" 183 (6). Science News. p. 5.

"SARS: Prevention". MayoClinic.com. 2011-01-06. Retrieved 2013-07-14.

 "Remembering SARS: A Deadly Puzzle and the Efforts to Solve It". Centers for Disease Control and Prevention. April 11, 2013. Retrieved August 3, 2013.

"Coronavirus never before seen in humans is the cause of SARS". United Nations World Health Organization. 16 April 2006. Retrieved 5 July 2006.

 Oehler, Richard L. "Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS)". Retrieved 2008-05-11.

 

diseksiyon çalışması

İç organlar diseksiyonu      
 Nisa GÖKÇEL 

Böbrek

 Böbrek yapısı

Böbrek kısımları

Trake (Soluk borusu) yapısı

Safra kesesi ve karaciğer

Karaciğer

Akciğer ve bronşlar

Kalp ve damarlar

 Kalbin kısımları

Nisa GÖKÇEL 

10 sınıf solunum-fotosentez etkinlik

Fotosentez ve Solunum

1. C 6 H 12 O 6 ile ifade edilen molekül için aşağıdaki ifadelerden geçerli olanları (+) ile belirtin.

Bir şekerdir
Karbon halkasından oluşur
Organik yapıdır
Enerji depolamak için iyi moleküldür
Sindirimle su ve karbondioksite dönüşür

It is a sugar.     It is a ring composed of carbon.       It is organic.         It is a good way of storing energy.2.  What is the difference between the following terms: 2. Aşağıdaki şartlar arasındaki farkları belirtin :

Şartlar	Farklar
Potansiyel enerji / Kinetik enerji
Klorofil / Mezofil
Sentez / Yıkım
Endergonik / ekzergonik
Dönüşüm / Transfer
Stroma / Stoma
Anabolik / Katabolik
NADPH / NADH

 

3.Fotosentez reaksiyonlarıyla ilgili istenenleri yazarak belirtin

Reaksiyon	Girenler	Çıkanlar	Ortam
İşık evresi
Karbon tutma

4. Fotosentez reaksiyonlarıyla ilgili  maddelerin oluşup oluşmadığını (+) işareti koyarak belirtin.

Reaksiyonlar	ATP	O2	NADPH2
Devirli
Devirsiz

10.Correct the following statements: 5. Aşağıdaki ifadeler Doğru veya Yanlış olduğunu D/Y yazarak belirtin:

·         14. The light reaction can only happen in the light, and the dark reaction can only happen in the dark.(.....)    Işık reaksiyon sadece ışıkta ve karanlık reaksiyon sadece karanlıkta olabilir.
·         15. The light reaction can only happen in the light, and the dark reaction can only happen in the dark.(.....)    The main function of photosynthesis is to produce ATP.Fotosentezin ana işlevi ATP üretmektir.
·         16. A chloroplast is a tissue, and the mesophyll is an organelle.The light reaction can only happen in the light, and the dark reaction can only happen in the dark(.....)    Mezofil bir dokudur, kloroplast ise bir organeldir.
·         17. The light reaction can only happen in the light, and the dark reaction can only happen in the dark.(.....)    At the end of photosynthesis, light energy has been stored in ATP and NADPH.Fotosentez sonunda, ışık enerjisi ATP ve NADPH yapısına aktarılmıştır.
·         18. The light reaction can only happen in the light, and the dark reaction can only happen in the dark.(.....)    A tube of bromothymol blue and water can be turned green by adding a plant to it and putting it in front of a light.Fotosentezde oluşan yan ürün kullanılan hidrojen ve elektron kaynağına göre değişir.

6. Solunum reaksiyonlarıyla ilgili istenenleri yazarak belirtin

Reaksiyonlar	Girenler	Çıkanlar	Ortam
Glikoliz
Krebs döngüsü
ets

Correct the following statements: 7. Aşağıdaki ifadeler Doğru:

·         27.  The mealworms breathed in CO ₂ and breathed out O ₂ .(.....)   Bitkiler gündüz solunumda dışarıdan CO ₂ alır ve  O ₂ verirler.
·         28.  Increasing the room temperature will always cause the bubble in the experimental volumeter to go out.29.  The major product of the Krebs Cycle is ATP.(.....)   Krebs Döngüsünün ana ürün ATP dir.
·         30.The electron transport chain produces NADH from ATP.(.....)   Elektron taşıma zinciri üzerinde ATP NADH üretir.
·         31.NADH and FADH ₂ are low energy products of the electron transport system.(.....)   Elektron taşıma sisteminde NADH ve FADH _2, en düşük enerjili ürünlerdir.
·         32.Glycolysis splits glucose into two acetate molecules.(.....)   Glikoliz bir glikozu iki asetaldehit molekülüne ayırır.

COMPARING PHOTOSYNTHESIS AND RESPIRATION33.  Fill in: 8. Enerji dönüşümünü ifade eden aşağıdaki şeklideki kısımları yazarak tamamlayınız

34.  Rank the following in terms of potential energy from highest to lowest:

9. Aşağıdaki molekülleri potansiyel enerji açısından en yüksekten en düşüğe doğru sıralayın:

C 6 H 12 O 6	FADH 2	NADH	CO 2	C 6 H 12 O 6 FADH 2 NADH              CO 2 ATP     ATP

 

35.  Which of the above are considered "energy carriers"? 10. Aşağıdaki molekülleriden "enerji taşıyıcısı" olarak kabul edilenleri (+) işareti koyarak belirtin

C 6 H 12 O 6	FADH 2	NADH	CO 2	C 6 H 12 O 6 FADH 2 NADH              CO 2 ATP     ATP

 

36.  Fill in the following: 11.Solunum ve fotosentez reaksiyonlarıyla ilgili istenenleri yazarak belirtin

Reaksiyon	Gerçekleştiği yer	Ürünler	ATP kazancı
Isık evresi
Karanlık evre
Krebs Döngüsü
Glikoliz
ets

Correct the following statements:

12. Aşağıdaki ifadeler Doğru:

·         37. The liquid part of a chloroplast is called the matrix, and the liquid part of a mitochondrion is called stroma.(.....)   Kloroplast sıvı kısmı matris, mitokondri sıvı kısmına stroma denir.
·         38. ATP stands for alkaline triphosphate.(.....)   ATP alkalintrifosfat molekülünün kısaltmasıdır.
·         39. 40.Two reactions that involve CO ₂ are the Krebs cycle and the light reaction.(.....)   Krebs döngüsü ve ışık reaksiyonları  CO ₂ içerir.
·         41. (.....)    ATP is a major high energy end product in both photosynthesis and respiration. ATP fotosentez  ve solunumun önemli yüksek enerji son ürünüdür.
·         42. Only plants do photosynthesis and only animals do respiration.(.....)    Fotosentez sadece bitkilerin, solunum sadece hayvanları yaptığı enerji dönüşümüdür.
·         43. Pyruvate is produced by the Krebs cycle and used by glycolysis.(.....)    Pirüvat, glikoliz tarafından üretilen ve krebs döngüsü tarafından kullanılan üründür.
·         44. (.....)    H ₂ O is a reactant in respiration and a product in photosynthesis. H ₂ O solunumda bir reaktif ve fotosentezde bir üründür.
·         45. (.....)    The dark reaction and glycolysis both produce ATP. Karbon tutma reaksiyonu ve glikoliz ATP üretir.

46.

ATP ATP	NADPH NADPH	NAD NAD	O 2 O 2	ADP ADP
C 6 H 12 O 6 C 6 H 12 O 6	FADH 2 FADH 2	CO 2 CO 2	NADH NADH	NADP NADP

13. Yukarıdaki molekülleri kullanarak aşağıdaki sorulara cevap verin

Olay - yapı	Moleküller
Karbon tutma reaksiyonunda oluşurlar
Tilakoid zar üzerinde meydana gelirler
Stromada oluşurlar
Matrikste Kullanılırlar
Ets’ye  elektron verir
Ets’den elektron alır

Which of  the compounds below are HIGH energy: 14. Aşağıdaki tabloda verilen sorular için; ilgili organel bölümüne, sadece kısımları belirten rakamları yazarak cevap verin

Sorular
CO 2  nerede üretilir
H2O nerede kullanılır
O2 nerede oluşur
Glikoz nerede sentezlenir
CO2 nerede kullanılır
ATP nerede üretilir
ATP nerede tüketilir
Ets nerede bulunur